En un primer momento se enfatizó la investigación sobre la antigüedad del poblamiento del territorio actual de Venezuela mediante abordajes paleoantropológicos y arqueológicos. Al mismo tiempo se iniciaron investigaciones sobre segmentos sociales diferenciados de la población venezolana, en especial poblaciones indígenas, campesinas y comunidades locales. A lo largo de su trayectoria el Centro de Antropología ha ofrecido un programa de formación de estudiantes de pre y posgrado y un programa de maestría y doctorado en Antropología.

El profesor José María Cruxent (1911-2005), catalán de origen, llegó muy joven a Venezuela y se involucró tempranamente en investigaciones etnográficas y arqueológicas. Ejerció la docencia en instituciones de educación secundaria y en entonces recientemente creada Escuela de Sociología y Antropología de la Universidad Central de Venezuela. Fue durante muchos años director del Museo de Ciencias Naturales así como asesor y colaborador de diversas instituciones académicas y científicas del país. En 1960 en alianza con el doctor Marcel Roche, director del IVIC, y el doctor Gabriel Chuchani, del Centro de Química, fundó el Departamento de Antropología que pasaría a convertirse en Centro en 2005. Como parte de sus preocupaciones intelectuales, enfatizó también la divulgación, particularmente mediante una sala de exhibición que ahora lleva su nombre y en la que desde la década de 1960 se han hecho ya cuatro montajes (el inicial y luego otros en 1972 al mudarse a la nueva sede del Centro, 1995 y 2009). El profesor Cruxent se jubiló en 1976 y pasó a trabajar en la Universidad Nacional Experimental Francisco de Miranda (Coro, estado Falcón), donde también fundó un centro de investigaciones antropológicas y paleontológicas.