Desde su fundación, el centro de ecología ha tenido un enfoque integrador, no solamente desde el punto de vista de la ecología como una ciencia biológica, sino también como parte de las geociencias.

La década de los años 70, fue la década de la fundación del centro de ecología. Durante esta década las investigaciones estuvieron basadas sobre todo en bosques amazónicos, sabanas tropicales, aguas marinas litorales y cuerpos de agua dulce, todos con énfasis en la autoecología.  Durante la  década de los años 80 y los 90 comienza a incorporarse una visión más sistémica, profundizándose sobre esas preguntas que tienen que ver con los ecosistemas, incorporándose a lo ya avanzado durante la década de los 70, investigaciones sobre los ciclos biogeoquímicos, como el ciclo del carbono, el nitrógeno y el fosforo, así como la dinámica de la materia orgánica, entre otras áreas relevantes que fueron incorporadas. Es así como arribamos a que durante la década de los 2000-2010 se fortalecen cinco laboratorios:  Laboratorio de Ecología de Suelos, Biología de Organismos, Ecología y Genética de Poblaciones, Producción y Desarrollo Vegetal y Ecofisiología Vegetal; con énfasis sin precedentes para el centro, en la aplicabilidad del conocimiento. Es decir, en los años 2000 creció la preocupación por parte de los investigadores del centro en la aplicabilidad de ese conocimiento que se estaba generando, entre los que destacan áreas como la agricultura, la ecología de suelos y la conservación. Durante la década más reciente (2010-2020), esta aplicabilidad se ha hecho urgente, y se ve reflejada en las investigaciones que resultan del centro de ecología, atendiendo los problemas de la crisis ambiental característica del  cambio global en desarrollo, sobre todo en aquellos que tienen que ver con la perdida de diversidad biológica, el cambio climático, los ciclos biogeoquímicos y la escasez de agua, entre otros problemas que presenta la crisis civilizatoria contemporánea.